本季紧接第一季结尾，柯南在追查一起跨国洗钱案时，不慎被安装在无人机上的微型摄像头拍到了用变声器破案的画面。该视频流落入黑衣组织手中，贝尔摩德确认工藤新一未死，并向全球组织成员下达“银色子弹清除令”。柯南被迫与灰原哀、赤井秀一转入地下。与此同时，FBI搜查官卡迈隆发现日本分部的机密情报一直在泄露，怀疑有代号为“波本”的卧底潜伏其中。安室透在这一季面临终极忠诚考验：既要保护柯南，又要掩饰自己的卧底身份，还得面对组织派来监视他的新成员——那位神秘且残忍的“朗姆”亲信。本季节奏极快，多线并行，最终在一个废弃游轮上迎来多方混战。
粉丝必看的神回！这一季完全抛弃了日常案件，全程高能主线。每一个镜头都是伏笔，每一句台词都是陷阱。安室透与贝尔摩德的对手戏张力拉满，结局那个关于“波本”身份的反转，绝对能惊掉下巴。这才是柯南应有的样子。
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